cPanel adalah control panel yang diciptakan oleh J. Nick Koston yang pada saat itu memiliki saham di Speed Hosting. Pada saat itu Web King mulai untuk menggunakan cPanel setelah mereka bergabung dengan Speed Hosting. Perusahaan tersebut kemudian memindahkan sever mereka ke Virtual Development Incorperated (VDI) sebuah perusahaan hosting yang pada saat itu sudah tidak beroperasi. Kemudian J. Nick Koston dan juga VDI membuat pengaturan untuk cPanel itu sendiri bahwa cPanel hanya akan disediakan untuk para pelanggan Web Hosting Virtual Development Incorperation (VDI).
cPanel yang ke 3 keluar pada tahun 1999 ada beberapa perbedaan antara versi yang baru dengan versi sebelumnya. Cpanel 3 memilki kelamahan karena adanya bug dan interface yang kurang baik. Namun kelemahan tersebut akhirnya diperbiaki oleh Carlos Rego seseorang yang berasal dari Wizard Hosting yang kemudian ia merancang sebuah tema yang akhirnya dijadikan tema standar cPanel.
Tidak sampai disitu saja, timbulah konflik antara VDI dan Nick Koston yang mengakibatkan cPanel terbagi menjadi dua yaitu cPanel itu sendiri dan WebPanel. VDI yang menjalankan WebPanel namun VDI mengalami kesulitan karena tidak memiliki programmer. Akhirnya hal terserbut membuat VDI berhenti untuk tidak melanjutkan pekerjaannya di WebPanel. Sedangkan Nick Koston tetap bekrja untuk cPanel dan juga di BurstNet, namun lambat laun Nick Koston memilih untuk lebih fokus kepda cPanel dan kemudian meninggalkan BurstNet. Dengan ketekunan dan juga kerja keras dari Nick Koston akhirnya cPanel mengalami kemajuan, update dan juga perbaikan. Sehingga berjalanlah cPanel hingga saat ini dengana sangat baik.